发酵鸡粪作用是依靠具有特殊功能微生物菌种的“特殊功能”来实现的，而这种特殊功能主要表现在以下几个方面：促进植物生长、提高植物防病抗病能力、提高肥料利用率、提高植物抗旱、修复土壤、降解农药等。 
一、  促进植物生长作用主要是通过发酵鸡粪植、生活并发挥作用。这种作用是通过功能菌产生促进植物生长的物质体现的，有别于在鸡粪有机肥料中添加激素的作用。有些生产厂家为了让农民看到效果，在产品中加入一定量的激素，这是不科学的，通过前几期南农大讲堂中设计的试验方法可以辨别。 
 二、  提高植物防病抗病能力，也就是生物防治作用。这类菌种作用于病原菌的方式主要有三种：1.拮抗作用。产生拮抗物质直接抑制病原菌生长。2.竞争作用。从营养吸收利用等方面抑制病原菌生长，一般情况下这种菌种生长速度很快。3.寄生作用。以病原菌为寄生，直接寄生在病原菌身上导致病原死亡。这三种抗病防病作用方式常常是交叉的。 
三、  提高肥料利用率在目前发酵鸡粪被宣传得较多，主要有固氮、解钾、活磷等作用。固氮作用主要有三类：1.共生固氮。以根瘤菌为主，菌种寄主有专一性，固氮能力很强，主要在豆科植物上共生固氮。但是由于这一类菌种均为革兰氏阴性细菌，不利于保存，作为产品进行货架销售比较困难，所以一般是拿到菌种即拌种使用。2.自生固氮作用。菌种在田间表现为不固氮或固氮能力很小。3.联合固氮。菌种相对专一，能力较强，但目前研究和推广应用的比较少，因此，须谨防产品包装上夸大固氮能力。 
四、  保水抗旱、土壤修复、降解农药等功能。对这类鸡粪有机肥功能的宣传比较少，主要因为经销商和农民对这方面功能的关注度比较低，生产商通过宣传这类功能来吸引消费者的可能性较小，所以市场上不多见。

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