一、促进植物生长作用主要是通过发酵鸡粪的功能菌在植物根部定植、生活并发挥作用。

二、提高植物防病抗病能力，也就是生物防治作用。这类菌种作用于病原菌的方式主要有三种：1.拮抗作用。2.竞争作用。3.寄生作用。

三、提高肥料利用率在目前发酵鸡粪市场中被宣传得较多，主要有固氮、解钾、活磷等作用。固氮作用主要有三类：1.共生固氮。以根瘤菌为主，菌种寄主有专一性

，固氮能力很强，主要在豆科植物上共生固氮。但是由于这一类菌种均为革兰氏阴性细菌，不利于保存，作为产品进行货架销售比较困难，所以一般是拿到菌种即拌种使用。2.自生固氮作用。菌种在田间表现为不固氮或固氮能力很小。3.联合固氮。菌种相对专一，能力较强，但目前研究和推广应用的比较少，因此，须谨防产品包装上夸大固氮能力。  
四、保水抗旱、土壤修复、降解农药等功能。