有机肥料能够使土壤中的微生物许多繁衍，特别是许多有利的微生物，如固氮菌、氨化菌、纤维素分化菌等。.这些有利微生物，能分化土壤中的有机物，添加土壤的团粒结构，改进土壤组成。微生物在土壤中的繁衍速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。

有机肥含有维生素、抗生素等，可增强农作物抗性， 或防止病害发生。有机肥施入土壤后，可增强土壤的蓄水保水才能，在干旱情况下，能增强作物的抗旱才能。有机肥还可使土壤变得疏松，改进作物根系的生态环境，促进根系的成长，增强根系活力，进步作物耐涝才能，削减植物的逝世率，进步了农产品的生存率。

粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。