有机肥料含有多种营养, 有丰富的有机物, 能够加强微生物的活动, 肥效耐久, 不仅能够陆续供给作物营养的需要, 还能够改进土壤的水、热和通气的条件, 增进土壤熟化。有机肥料开释出的许多CO2能够供植物营养之用；有机肥猜中的腐殖质,则有刺激植物成长和吸收矿质营养的功效。

有机肥含有维生素、抗生素等，可增强农作物抗性， 或防止病害发生。有机肥施入土壤后，可增强土壤的蓄水保水才能，在干旱情况下，能增强作物的抗旱才能。有机肥还可使土壤变得疏松，改进作物根系的生态环境，促进根系的成长，增强根系活力，进步作物耐涝才能，削减植物的逝世率，进步了农产品的生存率。

粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。