磁分离技术处理废水存在如下的技术难度和局限性：介质的剩磁使得磁分离设备在系统反冲洗时，难以把被聚磁介质所吸附的磁性颗粒冲洗干净，因而影响着下一周期的工作效率，为了提高磁场梯度，必须选择高磁饱和度的聚磁介质，对聚磁介质的选择具有一定的技术困难，且增加运行的费用，利用外加的磁种增强了弱顺磁性或非磁性污染物的磁性，使其通过磁分离得以去除；利用外加的微生物吸附废水中的顺磁性离子，利用磁分离去除离子型顺磁性污染物。

尽管磁分离技术是一种简易可行且处理效率高的水处理技术，由于上述技术难度和局限性有待继续研究克服，因此，在实际应用中影响着它的广泛应用，与沉降、过滤等常规方法相比较，磁力分离法具有处理能力大、效率高、能量消耗少、设备简单紧凑等一系列优点，开发大水量、快速反应、效果稳定、与磁分离技术相结合的高效物化工艺，可显著提高氨氮、COD、SS等的去除率，进一步改善出水水质，改善河道水体环境，也是全面推进水体环境治理的关键问题。

磁分离技术是一项新兴的技术，磁分离技术是利用磁场的作用力将具有不同磁性的物质分离开来的物理分离方法，与传统的水处理工艺相比，磁分离技术是一种新兴的净化技术，磁分离技术在废水处理中的应用主要有三种：直接磁选、间接磁选和微生物磁选，磁分离处理废水主要是利用污染物的凝聚性和污染物的增加性，近几年来，在河湖水体修复工程中，磁分离技术以其处理水量大，设备占地少，运行稳定，消除黑臭效果显著等优点，在国内许多工程中得到应用和推广。