“%chk=”命令用于指定计算输出的，chk文件的命名（H2O，chk）以及保存路径（，/在Linux系统中代表当前文件夹，当然也可以写上完整路径），该路径需实际存在，否则在后续计算过程中会报错，事实上这一部分内容可以根据实际需要写的更为详细，例如：，接下来在Xshell端输入“cd/home/gauss/user/simulation/H2O_opt”并回车，进入该文件夹，随后输入“g09

无论是DFT还是HF方法的模拟，均需选择合适的基组，此处给出的是较为通用且精度尚可的基组，【前缀】【主词】【后缀】关于基组的选用，可参考sob老师的文章“http://sobereva，com/336”，“opt”指本次模拟的具体任务为结构优化，这些命令可根据情况连用，例如“optfreq”表示首先进行结构优化，随后对优化的结构进行振动分析，该值根据实际计算情况修改即可，例如计算一个Cu2+时为2，计算苯分子时为0，计算一个SO42-时为-2。

输入文件：文件后缀名通常为，gjf，包含模拟任务的计算资源分配（核数、内存使用情况）、计算方法和精度、任务要求及计算模型等信息，输出文件：文件后缀名通常为，out或，log，除输出作为计算结果的结构模型、轨道、密度矩阵、电荷布局等信息外，还包括了部分计算过程中输出信息，对于大多数含有过渡金属的结构、自由基结构、激发态，如二茂铁、基态氧分子、羟基自由基等，均为开壳层体系，自旋多重度大于1，需做进一步判断。