原子间的连接方式，这些字样代表原子之间的连接关系，对于量化模拟毫无意义，故而可直接删掉，这是由于量化模拟会在计算过程中根据原子各自电子云间的交叠情况自主判断成键形式，因此软件并不关心输入模型中的化学键，换言之，在建模时，水分子中O和H之间画成单键抑或三键，对于计算结果没有任何影响，那么此时，Results栏中的“Vibrations”可选，从中可以分析分子的所有振动形式及对应的红外光谱出峰位置，进而生成该分子的理论红外光谱。

除上述软件外，建议在本地电脑安装一个专用的文本编辑器用于查阅和编辑输入和输出文件，推荐Notepad++，3，Gaussian软件涉及的文件类型，Gaussian主要涉及的文件包括输入文件、输出文件、检查点文件、读写文件等，初学者至少应对前三者有一定了解，Gaussian的关键词较多，除opt外用的较多的包括irc（反应路径）、freq（振动分析）、scan（势能面扫描）、scrf（使用隐式溶剂）等。

输入文件：文件后缀名通常为，gjf，包含模拟任务的计算资源分配（核数、内存使用情况）、计算方法和精度、任务要求及计算模型等信息，输出文件：文件后缀名通常为，out或，log，除输出作为计算结果的结构模型、轨道、密度矩阵、电荷布局等信息外，还包括了部分计算过程中输出信息，对于大多数含有过渡金属的结构、自由基结构、激发态，如二茂铁、基态氧分子、羟基自由基等，均为开壳层体系，自旋多重度大于1，需做进一步判断。