较初发酵的中层粪液通过粪管流向第二格，第二格经发酵、分解、沉淀后溢流至第三格，第三格经沉淀、过滤后流向下水道。正是这种分割发酵的原理使得清理化粪池变得危险。池内沼气易燃易爆，操作前应充分散发，周围不得有明火。吸粪时避免弄脏工作场地和路人的衣服。盖子打开后，要有人看管，盖子要清理干净，防止行人掉入。正式清理化粪池。勾开化粪池盖板15分钟，将吸粪车开到作业现场，将吸粪管放入化粪池内，然后用铲子搅拌化粪池内的粪便结块层，边搅拌边排水，启动吸粪车开关，将粪便吸出，直至将化粪池内的硬块吸走，盖好化粪池盖板，用清水冲洗作业现场。但是也不排除一些特殊的困难情况，需要人工清理，所以清理化粪池的每一个工作者都是非常困难和伟大的。

化粪池清理通过旋转将具有弯曲弹性的钢丝转到堵塞的下水管中，带出堵塞物的布条和毛发。还有一种工具叫一枪，是一种气动疏通工具，利用高压的原理来冲洗堵塞的下水管道。在清理化粪池的过程中，由于各种不确定因素的干扰，有时会出现一些意想不到的情况；为了避免这些问题，工作人员有必要提前做好预防措施，工作时要灵活机动，才能顺利完成化粪池清理工作。清理化粪池需要注意的问题如下:用铁钩打开化粪池盖板，然后用长竹竿(8m)将化粪池内的杂物结块层搅起。

化粪池分为砖砌化粪池和玻璃钢化粪池。污泥将按期清理外运、掩埋或用作肥料。污水进入化粪池沉淀12 ~ 24小时后，可去除50%~60%的悬浮物。生活污水中含有大量的粪便、纸屑和致病昆虫。悬浮物浓度为100~350mg/L，有机物BOD5浓度约为100~400mg/L，其中悬浮有机物BOD5浓度为50 ~ 200 mg/L，沉降污泥经过3个多月的厌氧消化，污泥中的有机物分解为非混沌的无机物，易腐的原污泥转化为非混沌的熟污泥，改变了污泥的结构，降低了污泥和沉积物的含水量。