洁净室净化工程设计是一项相关专业综合完成的设计技术，它与一般工业厂房设计有类似之处但也有独特之处，其主要的特点如下：
(1)、根据洁净室净化工程拟生产的产品的门类、品种或使用情况，确定所设计洁净室净化工程的控制对象及技术要求。如对生物洁净室净化工程，其控制对象是空气中的尘粒、微生物；面不同产品或用途的生物洁净室净化工程，对空气洁净度等级、空气中含有的微生物种类和浓度、压差等的要求是不同的。又如集成电路生产用洁净室净化工程．其控制对象主要是空气中的尘粒；按集成电路的特征尺寸、集成度的不同，对空气洁净度等级、防微振、高纯物质等的要求是不同的，应按照具体工厂的产品品种确定。
(2)、为确保洁净室净化工程内所必须的空气洁净度，洁净室净化工程设计中涉及到的各个专业设计均应采取妥善的、可靠的技术措施，以减少或防止室内产尘、滋生微生物，减少或阻止将微粒微生物或可能会造成交叉污染的物料带人洁净室净化工程内，有效地将室内的微粒微生物排出，以减少或防止它们滞留洁净室净化工程内。对于因尘粒脆生物或物料的交叉污染会危害产品雨量或人身安全时．还应采取安全、可靠的技术措施防让交叉污染，如严格控制不同用选的洁净室净化工程之间的静压差，按要求合理地划分净化空调系统以及回风系统的妥善设计等。
(3)、洁净室净化工程设计是各专业设计技术的综合，尤其是洁净室净化工程的工艺设计、空气净化设计和各种特殊要求的设计技术的密切协同、相互渗透和合理安排的综合设计。洁净室净化工程设计应做到顺应工艺(或使用)流程、合理选择各类设备和装置、尽力实现人流和物流的顺畅短捷、气流流型选样得当、净化空调系统配置合理、各种特殊要求的技术措施得当，洁净厂房的平面、空间布置合理，实现可靠经济运行的洁净厂房设施。
(4)、洁净室净化工程设计应确保安全生产和满足环境保护的要求。洁净室净化工程的稍置和各项设施的设计均必须符合消防、防火的要求，应按国家的有关标准、规范进行设计，由于洁净室净化工程内的平面和空间有差异性、走道曲折等特点，在进行各项技术设施的系统设计、设备配置和材质选样时，必须特别注意按规定选用符合要求的系统、设备和材料。
(5) 、随着科学技术的发展，工业产品的更新换代很快，人们对生活质量要求也越来越高，工业洁净室净化工程、生物洁净室净化工程的建造日新月异，因此洁净室净化工程设计本身便具有高新技术、技术密集和资金密集的特点，为了提高洁净室净化工程建成后的技术经济效益，在进行洁净室净化工程设计时应设法尽可能地考虑一定的灵活性，以便使建成后的洁净室净化工程能随着科学技术的发展更方便地进行技术改造，适应产品换代或设备更新的要求。近年来，在微电子工业超大规模集成电路生产、医药工厂用洁净厂房设计、建造中，模块式洁净室净化工程、隔离装置及微环境的不断研究开发，并被广泛采用，便是一种能够适应技术发展的灵活的及有综合经济性的洁净厂房设计。