1、仪器设备自身及运转中存在安全隐患

大型仪器设备一般指体积较大、价格昂贵、精密度高等仪器设备，有些仪器在使用过程中需要一些高危的附加条件，例如透射电子显微镜和扫描电子显微镜需要高电压、高电流；核磁共振波谱仪会产生强磁场；X射线衍射仪会造成电离辐射等，所以说大型仪器设备常规使用时本身即存在安全隐患。除此以外这些电场、磁场、电离辐射也可能对操作者造成伤害。

2、仪器设备使用不当

大型仪器设备由于其先进与精密性质，对测试样品要求都比较高。如扫描电镜和透射电镜，整个系统必须是高真空度的工作条件，这就要求样品必须充分干燥并且能牢固的负载于样品台上。否则就会破坏系统的真空度，影响灯丝寿命；如果样品在抽真空时脱离样品台，就会污染镜筒、损坏灯丝等。不仅测试的样品可能影响仪器正常运行，测试人员的不规范操作也可能导致仪器的损坏。

3、仪器档案管理不规范

大型仪器设备健全的档案材料，可以为设备的运行、维护、大修等提供有利的技术支持。

企业中很多大型仪器设备的档案资料可能只有到货、验收，之后就是一片空白了。如果对大型仪器的使用、维护等原始资料保管缺乏重视，没有制定相应的档案管理制度，即给仪器设备的后续使用、维护、维修等埋下隐患。

4、仪器设备保养维护观念淡薄

这其中主要包括三方面。

(1)仪器设备自身老化或损坏。随着大型仪器使用时间的延长，仪器设备本身各个部件及系统存在磨损、老化的自然现象，必然导致仪器测试精度下降或故障现象的发生。

(2)仪器设备运行时间不合理。一些大型仪器设备由于价格昂贵，很多企业只能购买一台，甚至有的企业由于经费问题还无法购买。也就是说很多企业的大型仪器设备不仅需要为自身学校提供服务，还需要为其他企业或社会上一些科研机构、企事业单位提供帮助，这就导致大型仪器设备常常处于运行状态，忽视了仪器设备的保养维护。

(3)实验技术人员对大型仪器设备保养维护意识不强。实验技术人员通常负责仪器设备的测试、教学工作，较多关注的是仪器设备的功能和能否正常使用，而企业设备管理部门负责仪器的存档等一些材料管理工作，各方面均未被赋予维护保养职责，导致保养意识不强。

5、大型仪器设备管理制度不完善

大型仪器设备不仅本身价格昂贵，其运行成本及维修保养费用也数额巨大。许多企业虽然花费重金购买了大型仪器设备，但是由于专项运营、维修经费缺乏，或是管理制度不完善等原因，有一部分仪器设备精密度下降、不能运行，更严重者损坏停运。大型仪器设备与其他普通设备不同，仪器校准或维修保养均需要产品生产厂家完成，这就导致耗材配件价格高；而且由于其精密性高，维修保养费用数额比较大；还有维修申请需要层层审批程序烦琐，造成维修不及时等诸多问题。

6、大型仪器设备管理队伍不健全、职责不明大型仪器设备高度集成，操作步骤烦琐，对实验技术人员要求极高。随着对仪器标准要求的提高，人们也开始注意到大型仪器设备管理队伍的重要性。总体来看还是朝着合理化、专业化、年轻化发展的，而且管理人员整体素质也有提高。但很多学校都存在这样一个问题：仪器设备验收使用时，实验技术人员经过工程师现场培训后，可以进行简单基本的操作，但很多功能并未得到发挥。还有一些仪器设备，使用者和管理者不是同一人，职责不明确，忽略了设备的维护和保养，磨损加快，使用寿命缩短，给学校造成损失。