隐患一、毒性问题：一些专家学者认为，在对基因人工提炼和添加时，虽然达到了预期效果，但可能其中也积聚了油料种子中原有的微量毒素。

隐患二、过敏反应问题：对于某一种食用油过敏的人有时还可能会对一种以前他们不过敏的食用油产生过敏。

隐患三、营养问题：科学家认为外来基因可能会破坏本该营养丰富的食用油中的营养成分。

隐患四、对抗生素的抵抗作用：当外来基因加入到食用油原种中后，这个基因会与别的基因连在一起，被人食用后，它会在人体内将抗药性基因传给可致病的细菌，使人体产生抗药性。

隐患五、对环境的威胁：转变后的基因会产生一种对其它物种，比如昆虫、害虫有毒的蛋白质，生态学家们认为转基因可能危害到其它物种，从而形成生物链发展，破坏地球环境。

与转基因食用油相比，非转基因食用油的好处变得一目了然了。当然转基因的危害还不能够确定。