脂肪酸甲酯为黄色澄清透明液体（精馏后为无色），具有一种温和的、特有的气味，结构稳定，没有腐蚀性。
脂肪酸甲酯经环氧化之后可以制得环氧脂肪酸甲酯，环氧脂肪酸甲酯是一种以天然植物油为原料的新型环保增塑剂，它能有效的替代DOP、DBP等，并适用于所有聚氯乙烯塑料制品。
脂肪酸甲酯即生物柴油，它与石化柴油相比，生物柴油是一种清洁的可再生能源，生物柴油可使柴油尾气HC降低67%、CO降低48%、颗粒物（PM）降低47%，因此生物柴油的使用可以缓解地球的温室效应。
脂肪酸甲酯是一种重要的化工中间体，广泛应用于皮革化工和日用化工，在皮化行业用作生产皮革加脂剂，也是用途广泛的表面活性剂(SAA)的原料.
在农药、油漆方面由于脂肪酸甲酯具有溶解度好、无毒、易降解等优点，逐步淘汰传统农药乳油中使用的有毒有害、挥发度高、残留量大、污染环境比较严重的甲苯系列溶剂。