处理方法
有机肥料无害化处理的堆、沤方法也很多，如EM堆腐法、自制发酵催熟堆腐法和工厂化无害化处理等。
EM堆腐法
EM是一种好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合细菌、放线菌、酵母菌和乳酸菌等组成，在农业和环保上有广泛的用途。它具有除臭、杀虫、杀菌、净化环境和促进植物生长等多种功能。用它处理人、畜粪便作堆肥，可以起到无害化作用。其具体方法如下：
（1）购买EM原液。然后，按清水100毫升和蜜糖或红糖20--40克、M酪100毫升、烧酒（含酒精30%～35%）100毫升和EM原液50毫升的配方，配制成备用液。
（2）将人、畜粪便风干至含水量为30%~40%。
（3）取稻草、玉米秆和青草等，切成长1、5厘米的碎料。加少量米糠拌和均匀，作堆肥时的膨松物。
（4）将稻草等膨松物与粪便按重量10：100混合搅拌均匀，并在水泥地上铺成长约6米、宽约1、5米、厚20~30厘米的肥堆。
（5）在肥堆上薄薄地撒上一层米糠或麦麸等物，然后再洒上EM备用液，每1000千克肥料洒1000~1500毫升。
（6）按同样的方法，在上面再铺第二层。每一堆肥料铺3-5层后，上面盖好塑料薄膜发酵。当肥料堆内温度升到45℃～50℃时翻动一次。一般要翻动3～4次才能完成。完成后，一般肥料中长有许多白色的霉毛，并有一种特别的香味，这时就可以施用。一般夏天要7～15天才能处理好，春天要15~25天，冬天则更长。肥料中水分过多会使堆肥失败，产生恶臭味。各地要根据具体条件，反复试验、摸索才行。
发酵催熟堆腐法
如果当地买不到EM原液，也可以自制发酵催熟粉来代替，采用自制发酵催熟堆腐法进行处理。其方法如下：
（1）发酵催熟粉的制备。准备好所需原料：米糠（稻米糠、小米糠等各种米糠）、油饼（菜籽饼、花生饼、蓖麻饼等）、豆粕（加工豆腐等豆制品后的残渣，无论何种豆类均可）、糖类（各种糖类和含糖物质均可）、泥类或黑炭粉或沸石粉和酵母粉。按米糠14、5%、油饼14、0%、豆粕13、0%、糖类8、0%、水50、O%和酵母粉0、5%的比例配方，先将糖类加于水中，搅拌溶解后，加入米糠、油饼和豆粕，经充分搅拌混合后堆放，在60摄氏度以上的温度下发酵30~50天。然后用黑炭粉或沸石粉按1：1重量的比例，进行掺和稀释，仔细搅拌均匀即成。（2）堆肥制作。先将粪便风干至含水分30%～40%。将粪便与切碎稻草等膨松物按重量100：10的比例混合，每100千克混合肥中加入1千克催熟粉，充分拌和均匀，然后在堆肥舍中堆积成高1、5～2、0米的肥堆，进行发酵腐熟。在发酵期间，根据堆肥的温度变化，可以判定堆肥的发酵腐熟程度。当气温15度时，堆积后第三天，堆肥表面以下30厘米处的温度可达70摄氏度，堆积lO天后可进行次翻混。翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度可达80摄氏度，几乎无臭。次翻混后10天，进行第二次翻混。翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度为60摄氏度。再过10天后，第三次翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度为40摄氏度，翻混后的温度为30摄氏度，水分含量达30%左右。之后不再翻混，等待后熟。后熟一般需3～5天，最多10天即可。后熟完成，堆肥即制成。这种高温堆腐，可以把粪便中的虫卵和杂草种子等杀死，大肠杆菌也可大为减少，达到有机肥无害化处理的目的。
工厂化无害化处理
如果有大型畜牧场和家禽场，因粪便较多，可采用工厂化无害化处理。主要是先把粪便收集集中，然后进行脱水，使水分含量达到20%～30%。然后把脱过水的粪便输送到一个专门蒸汽消毒房内，蒸汽消毒房的温度不能太高，一般为80～lOO摄氏度。温度太高易使养分分解损失。肥料在消毒房内不断运转，经20～30分钟消毒，杀死全部的虫卵、杂草种子及有害的病菌等。消毒房内装有脱臭塔除臭，臭气通过塔内排出。然后将脱臭和消毒的粪便，配上必要的天然矿物，如磷矿粉、白云石和云母粉等，进行造粒，再烘干，即成有机肥料。其工艺流程如下：粪便集中～脱水～消毒～除臭～配方搅拌～造粒～烘干～过筛～包装～入库。总之，通过有机肥的无害化处理，可以达到降解有机污染物和生物污染的目的。
优点
1 与化肥相比：
1） 生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。
2） 生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。
3） 生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。
4） 生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。
5） 生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
2 与精制相比:
精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。
1）生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。
2）生物有机肥经高温腐熟，杀死了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。
3）生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，杀死了里面的全部微生物。
4）生物有机肥养分含量高；精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。
5）生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭；精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。
3 与农家肥：
区别：
1）生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到95%以上；农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。
2）生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。
3）生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。
4 与生物菌肥：
区别：
1）生物有机肥价格便宜，每吨在800元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。
2）生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
3）生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。