全厂总排出口的废水在排入水体前，进行一级或二级处理，然后排入水体，或将废水用于灌溉，利用土壤和植物净化废水。一级处理主要是去除悬浮物，有沉淀过滤及气浮等方法，个别厂在废水中加絮凝剂，可去除部分溶解性胶体有机物，如木素和色素等。一般一级处理可去除80～90%SS和20%BOD5。二级处理为生化处理，主要去除BOD5。中国有少数厂已应用此法，计有氧化塘、生物滤池、生物转盘和活性污泥法（包括吸附再生式、加速曝气式、接触氧化式）。一般二级处理可去除60～95%BOD5。工业发达国家，有个别厂进行废水三级脱色净化处理，使达到饮用水的水平，但费用昂贵。

发达国家对废水中BOD5、悬浮物的控制，已有成熟经验，并趋向于加强厂内处理，减少厂外的二级处理。厂外处理也趋于区域性的联合治理，减少各厂的单独处理，并以该区域的环境容量作为治理的准则。对废气、废渣和噪声治理，也达到一定水平，而研究解决多种毒性物，特别是漂白废水中氯化酚类的慢性中毒作用,在生物体内的转化蓄积作用,致畸、致突变、致癌作用等成为重点研究对象。从长远环境保护工作来看，毒性物的危害，是造纸工业污染的一大隐患。另外由于环境保护要求日益严格，能源紧张，治理费用提高，利润减少，促使研究、发展少污染和无污染的生产工艺。多种新工艺、新设备和带有革命性的变革措施，如氧碱法制浆和漂白，直接苛化法碱回收，溶剂制浆，生物法制浆等，都在研究和发展中。

造纸的原料主要是植物纤维，原料中除含有纤维素、半纤维素、木素三大主要成分外，尚有其他含量较少的组分,如树脂、灰份等。此外还有硫酸钠等辅助成分。

纸张中除了植物纤维，还需要根据不同纸材添加不同的填料。比如铜系抗菌纸就是将铜离子复合在聚丙烯腈(俗称：腈纶)的单体丙烯腈上，制得改性腈纶复合纤维，然后再将改性腈纶配加到植物纤维中，配上各种用途的纸，即可制得抗菌纸。 而2010年环保呼声日益高涨，制纸厂纷纷推出了加入不同百分比的再生纸成分的纸,有100%再生纸,亦有只加入50%再生纸成分的纸张,适合不同客户的需求。再生纸来自于废纸，经过消毒、碎浆等处理后可以再度利用。碎浆系统的目的都是将废纸完全碎解而不损伤纤维,不打碎非纸成分。