1.强化环保意识，加强监测管理
加强教育，提高群众的环保意识，使人们充分意识到化肥污染的严重性，调动广大公民参与到防治土壤化肥污染的行动中。注重管理，严格化肥中污染物质的监测检查，防止化肥带人土壤过量的有害物质。制定有关有害物质的允许量标准，用法律法规来防治化肥污染。
2.增施有机肥，改善理化性质
施用有机肥，能够增加土壤有机质、土壤微生物，改善土壤结构，提高土壤的吸收容量，增加土壤胶体对重金属等有毒物质的吸附能力。可根据实际情况推广豆科绿肥，实行引草入田、草田轮作、粮草经济作物带状间作和根茬肥田等形式种植。另外，作物秸秆本身含有较丰富的养分，推行秸秆还田也是增加土壤有机质的有效措施，绿肥、油菜、大豆等作物秸秆还田前景较好，应加以推广。
3.普及配方施肥，促进养分平衡
根据作物需肥规律、土壤供肥性能与肥料效应，在以有机肥为主的条件下，产前提出施用各种肥料的适宜用量和比例及相应的施肥方法。推广配方施肥技术可以确定施肥量、施肥种类、施肥时期，有利于土壤养分的平衡供应，减少化肥的浪费，避免对土壤环境造成污染。
4.应用硝化抑制剂，缓解土壤污染
硝化抑制剂又称氮肥增效剂，能够抑制土壤中铵态氮转化成亚硝态氮和硝态氮，提高化肥的肥效和减少土壤污染。据河北省农科院土肥所贾树龙研究，施用氮肥增效剂后，氮肥的损失可减少20%~30%。由于硝化细菌的活性受到抑制，铵态氮的硝化变缓，使氮素较长时间以铵的形式存在，减少了对土壤的污染。
5.采取多管齐下，改进施肥方法
深施氮肥，主要是指铵态氮肥和尿素肥料。据农业部统计，在保持作物相同产量的情况下，深施节肥的效果显著；氮铵的深施可提高利用率31%~32%，尿素可提高5%~12.7%，硫铵可提高18.9%~22.5%。磷肥按照旱重水轻的原则集中施用，可以提高磷肥的利用率，并能减少对土壤的污染。还可施用生石灰，调节土壤氧化-还原电位等方法降低植物对重金属元素的吸收和积累，还可以采用翻耕、刻土深翻和换土等方法减少土壤重金属和有害元素。
11储存
防潮湿
碳酸氢铵易吸湿，造成氮挥发损失；硝酸铵吸湿性很强，易结块、潮解；石灰氮和过磷酸钙吸湿后易结块，影响施用效果。因此，这些化肥应存放在干燥、阴凉处，尤其碳酸氢铵储存时包装要密封牢固，避免与空气接触。
防挥发
氨水、碳酸氢铵极易挥发，储存时要密封。氮素化肥、过磷酸钙严禁与碱性物质（石灰、草木灰等）混合堆放，以防氮素化肥挥发损失和降低磷肥的肥效。
防受热
温度愈高，化肥的潮解挥发和结块愈严重（稳定性愈差），因此贮存房屋的温度应保持在30℃以下，农村不放在有热源的厨房内。
防火灾
硝酸铵、硝酸钾等有助燃性，贮存时不能和易燃物如煤油、汽油、秸秆、木屑等堆放在一起，以免引起火灾。
防爆炸
硝酸铵、硝酸钾等容易爆炸，若与铜、铁等金属粉末混在一起，一旦摩擦撞击，就会引起爆炸事故。所以这些化肥结块硬化后，严禁用金属物猛击，要用重物碾碎。
防腐蚀
过磷酸钙有腐蚀性，应防止与皮肤、金属器具接触；氨水对铜、铁有强烈腐蚀性，宜储存于陶瓷、塑料、木制容器中。此外，化肥不能与种子堆放在一起，也不要用化肥袋装种子，以免影响种子发芽。
防混放
化肥有酸性和碱性，应分门别类，按产地、种类、性质分别放置和保管，以免降低肥效。
防误用
肥料不能和农药、人畜药品、食用物品（如白糖、食盐）等混放，以免误用。特别要防止小孩误食。
12危害
对农作物的损害
化肥都是由各种不同的盐类组成，所以长期和大量施用这些由盐类组成的肥料，当肥料进入土壤后，就会增加土壤溶液的浓度而产生不同大小的渗透压，作物根细胞不但不能从土壤溶液中吸水，反而将细胞质中的水分倒流入土壤溶液，就导致作物受害。典型的例子就是作物“烧苗”
农药大量施用后，造成农药残留或深入地下水，对水源也造成污染。近几年大蒜价格低就是因为农药残留超标，国外收购商取消收购，导致的。我们自己食用的也可能检验不合格，只是国内民众的觉悟没有那么高，再就是自己化验的成本太高。普通民众承担不起。
对环境的污染
①河川、湖泊、内海的富营养化。引起水域富营养化的原因，主要是水中氮、磷的含量增加，使藻类等水生植物生长过多。
②土壤受到污染，土壤物理性质恶化。长期过量而单纯施用化学肥料，会使土壤酸化。土壤溶液中和土壤微团上有机、无机复合体的铵离子量增加，并代换Ca2+、Mg2+等，使土壤胶体分散，土壤结构破坏，土地板结，并直接影响农业生产成本和作物的产量和质量。
③食品、饲料和饮用水中有毒成分增加。亚硝酸盐的生物毒性比硝酸盐大5～10倍，亚硝酸盐与胺类结合形成的N－亚硝基化合物则是强致癌物质（见N－亚硝基化合物与癌）。使用化肥的地区的井水或河水中氮化合物的含量会增加，甚至超过饮用水标准。施用化肥过多的土壤会使蔬菜和牧草等作物中硝酸盐含量增加。食品和饲料中亚硝酸盐含量过高，曾引起小儿和牲畜中毒事故。化学肥料中还含有其他一些杂质，如磷矿石中含镉10～100ppm，含铅5～10ppm，这些杂质也可造成环境污染。
④大气中氮氧化物含量增加。施用于农田的氮肥，有相当数量直接从土壤表面挥发成气体，进入大气。还有相当一部分以有机或无机氮形态进入土壤，在土壤微生物作用下会从难溶态、吸附态和水溶态的氮化合物转化成氮和氮氧化物，进入大气。为了防止环境污染，应对施用的化学肥料进行控制和管理。
化肥行业市场发展现状及未来前景
2012年中国化肥行业共有2203家企业，总共实现销售收入8362亿元，同比增长17.2%；实现净利润446亿元，同比增长11.6%。从2008-2012年化肥行业平均净利润率5个月的平均走势来看，2012年季节性波动特征有所增强[5]。
中国化肥行业净利润率变化趋势图
中国化肥行业净利润率变化趋势图
随着2012年化肥生产成本的继续走高，在原料成本方面，如煤炭、天然气、硫磺、原料氯化钾等的采购价格虽较上年无明显上涨，但也未出现下降。燃料成本方面，成品油价格上涨了200-300元/吨。另一方面，原料和燃料供应不足，有价无市的现象更为普遍，造成化肥生产装置开工率下降，在一定程度上推高了化肥企业的制造成本。