银杏为落叶大乔木，胸径可达4米，幼树树皮近平滑，浅灰色，大树之皮灰褐色，不规则纵裂，粗糙；有长枝与生长缓慢的距状短枝。

生长枝上螺旋状散生，在短枝上3~8叶呈簇生状，秋季落叶前变为黄色。

球花雌雄异株，单性，生于短枝顶端的鳞片状叶的腋内银杏，呈簇生状。雄球花葇荑花序状，下垂，雄蕊排银杏列疏松，具短梗，花药常2个，长椭圆形，药室纵裂，药隔不发；雌球花具长梗，梗端常分两叉，稀3-5叉或不分叉，每叉顶生一盘状珠座，胚珠着生其上，通常仅一个叉端的胚珠发育成种子，内媒传粉。它的雄花花粉萌发时仅产生两个有纤毛会游动的精子。