有机肥含有大量生物物质、动植物残体、排泄物、生物废物等物质、施用有机肥料不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分来源。 
    有机肥发酵可分为有氧发酵和厌氧发酵。有氧发酵是指有机肥在好氧细菌的作用下将复杂的有机物质分解成植物便于吸收的简单的有机物质和无机物质，在这个过程中由于好氧细菌的作用是有机物发热，从而使物质升温，这样就将其中的部分细菌和虫卵杀死，从而使有机肥更环保，施入土壤后也减少了病虫害的发生。
   有机肥发酵一般在发酵过程中有氧发酵和厌氧发酵时同时或交替进行的，因为在有机物的中间部分氧气比较少，而外部的氧气比较多。这也是为什么有机肥在发酵的过程中需要翻动的原因。