用手去触摸水晶，天然水晶通常温度要比人造水晶的要凉的多；用眼观察，天然水晶通常有棉絮状的包裹体，这个是人造水晶所没有的。
对于紫水晶黄水晶这样的单色水晶，通常要观察它的二色性，即使是最的紫水晶黄水晶也是有色差的，通过这个方法可以鉴别是否加色。
这些是最简单的方法，简单易懂。
眼观法：天然的水晶一般都会有絮状（绵绺），也就是大家俗称的瑕疵，这是液体水落石出和二氧化碳的小孔穴，而人工合成的水晶就不会有这样的特征。
水晶是有成色等级之分，影响水晶价位的因素很多，不像钻石以4C就可以判定，所以大家要多听多看多比较才能真正辨别出来。一般的标准是水晶石越大越好，越透越好，颜色越娇嫩越好，形状越典型越好。不过最重要还是自己喜欢，而选购时辨识真伪的方法大致有下列几种：
⑴眼看：天然水晶在形成过程中，往往受环境影响总含有一些杂质，对着太阳观察时，可以看到淡淡的均匀细小的横纹或柳絮状物质。而假水晶多采用残次的水晶渣、玻璃渣熔炼，经过磨光加工、着色仿造而成，没有均匀的条纹、柳絮状物质。
⑵舌舔：即使在炎热夏季的三伏天，用舌头舔天然水晶表面，也有冷而凉爽的感觉。假的水晶，则无凉爽的感觉。
⑶光照：天然水晶竖放在太阳光下，无论从哪个角度看它，都能放出美丽的光彩。假水晶则不能。
⑷硬度：天然水晶硬度大，用碎石在饰品上轻轻划一下，不会留痕迹；若留有条痕，则是假水晶。

⑸用偏光镜检查：在偏光镜下转动360度有四明四暗变化的是天然水晶，没有变化的是假水晶。
⑹用二色检查：天然紫水晶有二色性，假水晶没有二色性。
⑺用放大镜检查：用十倍放大镜在透射光下检查，能找到气泡的基本上可以定为假水晶。
⑻用头发丝检查：仅限于正圆形水晶球。将水晶球放在一根头发丝上，人眼透过水晶能看到头发丝双影的，则为水晶球。主要是因为水晶具有双折射性。但是这样无法把天然晶，养晶和熔炼晶区分开来。只能区分玻璃等其他物质。
⑼用热导仪检测：将热导仪调节到绿色4格测试宝石，天然水晶能上升至黄色2格，而假水晶不上升，当面积大时上升至黄色一格