真菌病：有为害暗叶部的斑枯病、灰斑病、霜霉病和锈病等，其中霜霉病遍及各地；为害根、茎的有疫腐病、菌核病和炭疽病。疫腐病以抗病育种；其它靠轮作法防治。为害子粒的有紫斑病和黑点病，药剂拌种防治。
   细菌病：有斑点病和斑疹病，有的可用抗病育种防治。
   病毒病：种类多，中国长江流域和黄淮平原以花叶病毒流行广、为害重。采用无病毒种子、消灭媒介昆虫及抗病育种防治。
   大豆孢囊线虫病、根结线虫病：采用合理轮作和抗病育种防治。主要虫害有食心虫、草地螟、豆荚螟、豆秆蝇、豆秆黑潜蝇、红蜘蛛和蚜虫等，以药剂防治为主。菟丝子在黄淮平原为害甚烈，采用清选种子、生物防治和轮作防治。

已发现的病害有30余种，其中真菌性病害最多，病毒类主要是大豆花叶病毒，线虫病主要为孢囊线虫和根结线虫。大豆锈病、炭疽病、细菌性斑疹病等，在南方发生较重。北方春大豆区霜霉病、灰斑病、细菌性斑点病、孢囊线虫病发生普遍。大豆病毒病在各大豆栽培区都有发生。