此外，珠江、长江总体水质良好，松花江为轻度污染，黄河、淮河、辽河为中度污染。

报告称，二00八年中国部分环境质量指标明显改善。地表水中高锰酸盐指数达到III类水质标准，较上年下降十二点三个百分点，较二00五年下降二十点八个百分点；城市空气中二氧化硫达到国家环境空气质量二级标准，较上年下降七点七个百分点，较二00五年下降十五点八个百分点。

报告指出，尽管如此，中国面临的环境形势仍十分严峻。除地表水污染依然严重外，中国近岸海域水质总体为轻度污染。其中，一、二类海水比例为百分之七十点四，较上年上升七点六个百分点；三类海水占百分之十一点三，与上年持平；四类和劣四类海水占百分之十八点三，下降七点一个百分点。此外，四大海区近岸海域中，黄海、南海近岸海域水质良，渤海水质一般，东海水质差。

城市空气质量方面，虽较上年有所提高，但部分城市污染仍较重；全国酸雨分布区域保持稳定，但酸雨污染仍较重。

报告还显示，农村环境问题也日益突出，生活污染加剧，面源污染加重，工矿污染凸显，饮水安全存在隐患，呈现污染从城市向农村转移态势。