泥鳅养殖过程中，要注意做好病害防治工作，常见的病害有赤鳍病、水霉病、气泡病、曲骨病、车轮虫病、舌杯虫病、农药中毒及其它生物敌害等。主要防治方法如下：
烂鳍病：
症状病鳅的鳍、腹部皮肤及肛门周围充血、溃烂，尾鳍、胸鳍发白并溃烂，鱼体两侧自头部至尾部浮肿，并有红斑。防治办法是每立方米用1克漂白粉全池泼洒，或用0.1克呋喃唑酮全池泼洒。
赤鳍病：
此病对泥鳅危害大、发病率高，由杆菌引起。症状为，先是鱼鳍或体表部分表皮剥落，呈灰白色，肌肉开始腐烂，肛门部位发红，继而在这些部位出现血斑，并逐渐变为深红色，严重时出现鳍条脱落，不摄食，直至死亡。主要流行于夏季。防治方法是应避免鱼体受伤，苗种放养前应用4%的食盐水浴洗消毒。
　　水霉病：

　　鳅卵防治用每立方水放食盐400克加小苏打400克的溶液洗浴1小时。防治方法是在捕捉、运输泥鳅时，尽量避免机械损伤；用4%的食盐水浸洗病鳅5-10分钟。
　　打印病：

　　病灶一般呈椭园形，园形，浮肿有红斑。患处主要在尾柄基部。流行于7―8月份。治疗上可用1克/立方的漂白粉或2―4克/立方的五倍子进行全池泼洒。
　　车轮虫病：

　　寄生于鳃部和体表。患病后摄食量减少，离群独游，严重时虫体密布，如不及时治疗，会引起死亡，流行于5-8月份。预防措施是用生石灰清塘；治疗方法为按池水每立方用晶体敌百虫0.7克全池泼洒。
　　舌杯虫病：

　　寄生于泥鳅的皮肤或鳃上，平时摄取周围水中的食物作营养，对泥鳅没有多大影响。但若大量寄生在鳅苗上，会造成呼吸困难，严重时导致鳅苗死亡。一年四季都可发病，以5-8月份较为普遍。预防主要是应在鳅种放养前用8克/立方水硫酸铜溶液浸洗15-20分钟，发病后治疗则用0.7克/立方水硫酸铜和硫酸亚铁（5∶2）合剂全池泼洒。
　　寄生虫病：

　　病鳅体瘦弱，常浮于水面，不安，或在水面打转，体表粘液增多。多由车轮虫、舌杯虫、和三代虫寄生虫所致。防治办法是每立方米用0.7克硫酸铜和硫酸亚铁(5∶2)合剂全池泼洒，可防治车轮虫和舌杯虫病。
　　白身红环病：病鳅身体呈灰白色，出现红色环纹。此病因泥鳅捕捉后长期蓄养所致。防治办法是将病鳅移入静水池中暂养一段时间。
　　气泡病：

　　病鳅鱼苗浮于水面。因水中氧气或其他气体含量过多而引起，主要危害鱼苗。防治办法是每亩用食盐4-6公斤全池泼洒；立即冲入清水或黄泥浆水；及时清除池中腐败物，不施用未发酵的肥料。同时，掌握好投饵量和施肥量，防止水质恶化。
　　其他敌害防治：

　　养殖泥鳅的池塘，要用生石灰彻底清塘。注、排水口应设密网拦滤，严防有害的鱼类、水生昆虫、蛇、蛙等进池塘危害鳅苗种或成鳅。若发现池中有水蜈蚣，应用90%的晶体敌百虫按5克/立方浓度全池泼洒杀灭。