看看谷壳的颜色，雄性保持系颜色比较均匀，杂交种水稻种子在颖壳上有略不均匀的黄褐色斑点。保持系和其他混合种子比水稻种子透明。看种子的纯度。用手挑选种子时，如果指尖间出现土粒、砂粒等固体颗粒及其他杂质，并有细粉，则说明种子不符合国家标准的纯度。杂种是异花授粉的，柱头外露。仔细看纹路中间和外侧的裂缝，发现一个小黑点，这是柱头痕。这是鉴别杂种水稻种子和其他水稻籽粒的重要依据。

未成熟的种子不仅发芽率低，而且芽弱，幼苗发育不良。种子之间的成熟度差异越大，发芽越不规则。世界上生产的水稻种子一般在稻穗蜡熟期收获，使种子具有完全的发芽能力。授粉7天后，水稻种子仍处于乳熟期，胚胎已基本发育。也有发芽能力，但发芽慢，发芽率极低；授粉14天后，胚乳的完全成熟接近完成。有了养分，种子的发芽率大大提高，籼稻的种子基本没有休眠期。在种子成熟的过程中，如天气恶劣、雨水过多或倒伏浸泡等，穗上的种子往往会发芽，影响水稻或种子的质量。

影响水稻种子发芽的外部因素:水稻种子除了种子本身的内部因素外，休眠状态向发芽状态转化还需要三个重要的外部条件，即水分、氧气和温度。只有科学地协调种子与水、氧、温的动态平衡，才能很好地浸种催芽。水:水稻种子吸水是发芽的第一步，即浸种是促进种子吸水的一个技术措施；干燥后的种子处于休眠状态，只有吸收足够的水分后，种子中的生理生化功能才能逐渐开始。种子吸水有三个作用:一是使种皮膨胀软化，有利于溶于水中的氧气随水渗入水稻种子细胞，增强胚和胚乳的呼吸作用。