看看谷壳的颜色，雄性保持系颜色比较均匀，杂交种水稻种子在颖壳上有略不均匀的黄褐色斑点。保持系和其他混合种子比水稻种子透明。看种子的纯度。用手挑选种子时，如果指尖间出现土粒、砂粒等固体颗粒及其他杂质，并有细粉，则说明种子不符合国家标准的纯度。杂种是异花授粉的，柱头外露。仔细看纹路中间和外侧的裂缝，发现一个小黑点，这是柱头痕。这是鉴别杂种水稻种子和其他水稻籽粒的重要依据。

水稻种子的后熟程度:有些水稻种子已经开发出来了，但是由于一些生理原因，在适宜的条件下发芽率还是很低。发芽需要一段时间的后加热，也就是说有休眠。一般来说，后熟时间短的种子比后熟时间长的种子发芽快，发芽率高。我们的研究表明:一般籼稻品种没有成熟期，即没有休眠期；大部分粳稻品种都有成熟期，即休眠期，但时间长短差异很大。在籼稻中，无论是常规稻还是杂交稻，如果是籼粳杂交育种的后代，粳稻的休眠基因将主导品种组合的后熟状态。

影响水稻种子发芽的外部因素:水稻种子除了种子本身的内部因素外，休眠状态向发芽状态转化还需要三个重要的外部条件，即水分、氧气和温度。只有科学地协调种子与水、氧、温的动态平衡，才能很好地浸种催芽。水:水稻种子吸水是发芽的第一步，即浸种是促进种子吸水的一个技术措施；干燥后的种子处于休眠状态，只有吸收足够的水分后，种子中的生理生化功能才能逐渐开始。种子吸水有三个作用:一是使种皮膨胀软化，有利于溶于水中的氧气随水渗入水稻种子细胞，增强胚和胚乳的呼吸作用。