水流运动可使水族箱中的每一个地方，如角落、裂缝、洞穴以及珊瑚周围的水都能够得到不停的更换。我们必须设法防止有水流静止的区域存在。水流的运动就能使无脊椎动物上的单细胞虫黄藻的代谢产物会因水流的运动被清除。而有机物的食物也会因水流作用被送到生物栖息地附近，使他们更容易摄食。

综合上述，水族箱的水流是很重要的，用循环式水泵在水族箱中制造每小时至少5次的水流循环速度是较理想的，采用两个泵，使水流每6小时更换一次方向，定时开关，就更好了。