水溶性肥料不但配方多样而且使用方法十分灵活，一般有三种：
　　1、滴灌、喷灌和无土栽培
　　在一些沙漠地区或者极度缺水的地方，以及规模化种植的大农场，以及高品质高附加值经济作物种植园，人们往往用滴灌、喷灌和无土栽培技术来节约灌溉水并提高劳动生产效率。这叫做“水肥一体化”，即在灌溉的时候，肥料已经溶解在水中，浇水的同时也是施肥的过程。这时植物所需要的营养可以通过水溶性肥料来获得，即节约了用水，节省了肥料，又节省了劳动力。即水溶性肥料的优点——节水、省肥、省工。
　　2、土壤浇灌
　　通过土壤浇水或者灌溉的时候，先行混合在灌溉水中，这样可以让植物根部全面地接触到肥料，通过根的呼吸作物把化学营养元素运输到植株的各个组织中。
　　3、 叶面施肥
　　把水溶性肥料先行稀释溶解于水中进行叶面喷施，或者与非碱性农药（常用大部分农药都是非碱性的）一起溶于水中进行叶面喷施，通过叶面气孔进入植株内部。对于一些幼嫩的植物或者根系不太好的作物出现缺素症状时是一个纠正缺素症的选择，极大地提高了肥料吸收利用效率，节约地植物营养元素在植物内部的运输过程。