灵芝主要分布在中国、朝鲜半岛和日本。
世界分布
世界上灵芝科的种类主要分布在亚洲、澳洲、非洲及美洲的热带及亚热带，少数分布于温带。地处北半球温带的欧洲仅有灵芝属的4种，而北美洲大约5种。我国地跨热带至寒温带，灵芝科种类多而分布广。
中国分布
中国灵芝类真菌自然分布的总特点是东南部多而西北部少。如果从东北部的大兴安岭向南方向的西藏东南部画一条斜线，便可将灵芝的分布划分为迥然不同的两大区，正好说明灵芝科种类的分布与我国的地形地貌、生态环境相吻合。目前已知此条线以西由于干旱或高寒等原因，缺乏灵芝繁殖生长的天然条件，只分布有树舌（Ganoderma applanatum）和灵芝（G. lucidum）两种。在青海、新疆和宁夏几乎没有发现常见的灵芝（赤芝）。而赤芝主要分布在浙江龙泉、江西庐山、安徽霍山一带。将这条线的以东地区根据南北气候及植被类型的变化以及灵芝种类的变化可划分为三个分布区，其中浙江龙泉被誉为“中华灵芝乡”，江西庐山的被称赞为“神庐赤芝”。
1、热带分布区：分布范围大致在南岭以南的两广、福建和台湾南部以及海南、香港地区。还包括云南西双版纳和西藏的东南部地区。在这些地区的热带季雨林区具有代表性的是热带灵芝（Ganoderma tropicum）、喜热灵芝（G. calidophilum）、弯柄灵芝（G. flexipes）、无柄灵芝（G. resinaceum）、薄树芝（G. capense）、背柄灵芝（G. cochlear）、胶纹灵芝（G. koningsbergii）、黄孔灵芝（G. oroflavum）、紫光灵芝（G. valesiaum）、黑肉假芝（Amauroderma niger）、皱盖假芝（A. ruda）、咖啡网孢芝（Humphreya coffeatum）、长柄鸡冠孢芝（Haddowia longipes）。其他还有海南灵芝（G. hainanense）、黑灵芝（G. atrum）、黄灵芝（G. multiplicatum）、大圆灵芝（G. rotundatum）、茶病灵芝（G. theaecolum）、黄褐灵芝（G. fulvellum）、大孔灵芝（G. magniporum）、黄边灵芝（G. luteomarginatum）、赭漆灵芝（G. ochrolaccatum）、有柄树舌（G. gibbosum）、橡胶树舌（G. philippii）、三角状树舌（G. triangulatum）、南方灵芝（G. australe）、大孔假芝（Amauroderma bataanense）、黑漆假芝（A. exile）、粗柄假芝（A. elmerianum）及二孢假芝（A. subresinosum）等，共计有66种，占已知灵芝总数的66%。在该区还发现了大量灵芝的新种。
2、亚热带分布区：大致包括南岭以北至秦岭之间的长江中下游地区。在该区常绿阔叶林区具有代表生的是紫芝（Ganoderma sinensis）、长孢灵芝（G. boninense）、灵芝（G. lucidum）、四川灵芝（G. sichuanense）、小孔栗褐灵芝（G. dahlii）、硬孔灵芝（G. duropora）、拱状灵芝（G. fornicatum）、无柄紫芝（G. mastoporum）、华中灵芝（G. mediosinense）、褐树舌（G. brownii）、层迭树舌（G. lobatum）、福建假芝（Amauroderma fujianense）、假芝（A. rugosum）、江西赤芝（A. jiangxiense）、耳匙状假芝（A. auriscalpium）、小孢灵芝（G. microsporum）、黑假芝（A. niger）等，共计25种，占灵芝类总数的25%。其中以灵芝和紫芝分布较广泛。另外此区域是我国灵芝类南北分布的过渡地带。
3、温带分布区：其范围包括秦岭向东北至大小兴安岭。其中以辽宁南部及华北落叶阔叶林区又属暖温带，辽宁以北即广大的东北地区为主是中温带，兴安岭区属寒温带针叶林区，目前在区内仅分布灵芝属的松杉树芝（Ganoderma tsugae）、灵芝（G. lucidum）、树舌（G. applanatum）、伞状灵芝（G. subumbraculum）和蒙古灵芝（G. mongolicum）。
树舌和灵芝是我国分布最广泛的两个种，前种分布27个省区而后种分布19个省区。蒙古灵芝原发现于河北省北部，在内蒙古北部的大兴安岭和长白山脉亦有分布。目前人工栽培的种类中，除了灵芝（赤芝）外，松杉树芝质量，在韩国、日本及中国台湾省人工栽培产量大而普遍。我国目前人工生产最多的主要是以上两种，其次是密纹薄芝（G. tenue），紫芝产量低而不广泛。在我国已知的种类中，目前驯化栽培而知其名称的还不到10%，可见从野生种类中驯化德育优良生产菌种，或具有药效的种则潜力很大。
植物资源分布：
1、灵芝GanodermaeLucidi产于华东、西南及吉林、河北、山西、浙江、江西、广东、广西等地，有人工栽培。销全国各地。
2、紫芝GanodermaeSinensis产于浙江、江西、湖南、四川、福建、广西、广东等地，也有人工栽培。销全国各地。药用动植物的栽培。
《本草纲目》和宋朝唐慎薇撰写的《重修政合经书证类备用本草》均对六种灵芝所处地理环境有详细记载。有“赤芝生霍（庐）山，青芝生泰山，黄芝生嵩山，白芝生华山，黑芝生常山，紫芝生高山夏峪”的说法。而“霍山”在古代就是现今湖北、河南、安徽三省交界处的大别山区，因此庐山、大别山是赤芝的发源地。庐山、大别山地处华东和中原的中间，淮河上游，中国气候南北分界线上。