月饼在古时一般只以布裹，使用月饼罐或纸盒包装是到了20世纪因为月饼被商品化才出现。由于卫生的考虑，现代月饼通常都会用透明塑胶袋作独立包装，而铁罐印花亦于60年代迄今取代了战前的纸盒包装。

广式月饼的包装通常是四个为一单位，19世纪70年代时，四个月饼叠在一起，用的是玉扣纸起成一个圆柱体，通常竖立摆放，称为一筒月饼，外表贴上红色蜡纸，注明品种。80年代后，采用盒装，初期还是会把蜡纸放在盒内。

由于近年来出现很多昂贵的月饼盒包装的月饼，有些还附加各种礼品，被一些人用于送礼甚至行贿，中国政府在2005年出台法律，规定从2006年起，月饼包装成本不得超过月饼价值的25%。

另一方面，香港有环保组织则关注月饼包装过多的问题，其中香港地球之友便发起行动表扬少包装的月饼品牌的“常哦行动”。亦有人关注到月饼售价高昂，反映贫富悬殊加剧，因此有人在facebook设立群组，对月饼实行抵制。